Το Ευαγές Ιδρυμα Κυψέλης Μαλλιοπούλειον διοικείται από δωδεκαμελές Διοικητικό Συμβούλιο τριετούς θητείας και λήγει με την εκλογή νέου Διοικητικού Συμβουλίου από την Τακτική Γενική Συνέλευση του έτους 2022, στο οποίο μετέχει ένας εκπρόσωπος από κάθε νομικό πρόσωπο-μέλος που την απαρτίζει. Το Δ.Σ. εκλέγεται από την τακτική Γενική Συνέλευση των μελών του σωματείου που είναι το ανώτατο όργανο σύμφωνα με το άρθρο 16 του Καταστατικού. Το Δ.Σ. του Ιδρύματος φροντίζει για την εφαρμογή των γενικών προσανατολισμών και τη γενική πολιτική του ιδρύματος, όπως αυτή ορίζεται από τη Γενική Συνέλευση.

Πρόεδρος:  Ιωάννης Περρωτής                                               

Αντιπρόεδρος: Αθανάσιος Περρωτής       

Γενική Γραμματέας: Αικατερίνη Παπαμανώλη                                           

Ειδική Γραμματέας: Σεραφίνα Αβραμίδου     

Ταμίας: Νικόλαος Χατζητσόλης

Μέλη:

Χρυσούλα Καρυάτη, Γεώργιος Παπαχρήστος, Χαρίλαος Πρωτοσύγκελλος, Μαρία Κλωνή, Ιωάννα Φωκά, Εμμανουήλ Παδουβάς, Χαβιάρα Ευαγγελία